HEPA过滤器的完整性必须得到维护，以确保无菌环境。在安装过程中应进行泄漏测试，以检测密封垫圈、过滤器框架或过滤介质各部位是否存在泄漏。此后，应在适当的时间间隔内对无菌生产设施中的HEPA过滤器进行泄漏测试。例如，在无菌生产车间，此类测试应每年进行两次。
当空气质量被认为不可接受时，或者设施翻新可能对天花板或墙壁结构造成了损坏时，或者作为对介质填充或制剂无菌性故障调查的一部分，可能需要进行额外的测试。需要检测泄漏的过滤器包括那些安装在用于对玻璃小瓶进行去热原处理的干热去热原隧道和烤箱中的过滤器。在必要时，可以使用替代方法来检测这些隧道和烤箱高温区域中的HEPA过滤器。对于ULPA过滤器，也可以应用相同的基本原则。
任何用于检测 HEPA 过滤器性能的气溶胶都必须满足关键物理化学特性的要求，例如粘度。邻苯二甲酸二辛酯（DOP）等成分也必须符合相关标准。 聚α-烯烃 （PAO）是适合用于泄漏测试的气溶胶示例。某些气溶胶存在问题，因为它们有可能对测试环境造成微生物污染。因此，评估任何替代气溶胶时，都必须确保其不会促进微生物的生长。
过滤器泄漏测试和效率测试之间存在显著差异。效率测试是一种用于确定过滤器等级的常规测试方法。一个完好的HEPA过滤器应能够阻挡至少99.97%直径大于0.3微米的颗粒物。
另一方面，定期进行泄漏测试的目的是为了检测过滤器介质、过滤器框架或密封件是否存在泄漏。测试的难点在于需要使用一种多分散气溶胶，这种气溶胶通常由平均粒径在亚微米级别的颗粒组成，其中必须包含足够数量的约0.3微米的颗粒。如果在过滤器上游没有引入足够数量的已知粒径的颗粒作为测试挑战源，那么进行泄漏测试将无法有效检测到泄漏现象。
在过滤器上游引入气溶胶时，其浓度必须适合气溶胶光度计的测量精度。泄漏测试应在原位进行，并使用适当的光度计探头对过滤器的下游面进行扫描，采样率至少为每分钟一立方英尺。然后，通过探头测得的下游泄漏量应计算为上游挑战量的百分比。应对整个过滤器表面及其框架进行适当的扫描，扫描位置应距离过滤器表面约一到两英寸。对HEPA过滤器的这种全面扫描过程必须详细记录在案。
如果单个探针的检测结果相当于上游挑战物浓度的0.01%，则应视为存在严重泄漏，需要更换HEPA过滤器；在适当的情况下，也可以仅对泄漏区域进行修复。在修复后的区域，应重新进行确认性检测。
仅通过 HEPA 过滤器的泄漏测试是不足以监测其性能的。定期监测过滤器的各项属性非常重要，例如过滤器内部风速的均匀性（以及与相邻过滤器的风速对比）。风速的差异可能会引发湍流，从而增加……（原文后半部分内容缺失）。 污染；杂质对于HEPA过滤器而言，在关键区域内，应在其过滤面后方6英寸处以及靠近工作表面的特定距离处测量单向气流的速度。
在适当的间隔进行速度监测，可以提供有关执行无菌生产工艺的关键区域的有用数据。这些测量结果应与现场空气流动模式分析时确定的速度范围保持一致。当检测到过滤器某区域的空气流速不均匀，或者空气流动模式可能受到不利影响时，应更换 HEPA 过滤器。
该效率测试使用粒径为0.3微米的单分散气溶胶来评估过滤介质的性能。下游检测结果代表整个过滤表面的平均值。效率测试并非用于检测过滤器是否存在泄漏。虽然平均值通常小于一微米，但实际值却大于0.3微米。
尽管承包商通常提供这些服务，但药品制造商仍需负责确保设备规格、测试方法以及验收标准的明确制定，并确保这些关键的认证活动能够得到妥善执行。